В 60-х Бексински начинает заниматься художественной фотографией, скульптурой и живописью, но его работы окажутся черезчур новаторскими для тогда еще коммунистического общества. В его ранних фотографиях и скульптурах уже тогда начнет прослеживаться его фирменный стиль и в конце 60-х Бексински целиком сконцентрирует все свое творчество на исключительно на живописи. 70-е и 80-е станут самым известным периодом его творчества, характеризующимся яркими, впечатляющимися образами, сюрреалистическими, постапокалиптическими изображениями, основной темой для художника станет смерть, он также начнет уделять практически маниакальное внимание деталям, порой доходящее до сумасшествия. Сам же Бексински характеризовал картины данного периода порой непонятными, оптимистичными и даже отчасти забавными.

В период переезда в Варшаву в 1977 году Бексински уничтожит большую часть своих ранних работ, назвав их слишком личными и незаконченными. 80-е годы станут переходным периодом его творчества и уже в 90-х практически все его произведения будут представлять собой серию сюрреалистических портретов и крестов, но по энергетике ничем не будут уступать предшествовавшему им «фантастическому периоду». Во второй половине 90-х годов художник откроет для себя компьютеры, Интернет, цифровую фотографию, на чём и сконцентрируется вплоть до своей смерти.

Поздние 90-е станут тяжёлым периодом в жизни художника. Его жена София умерет в 1998, а год спустя, на рождественский сочельник 1999 года, покончит жизнь самоубийством его сын Томаш. Его тело найдет сам Бексински. К слову, Томаш Бексински был большим поклонником группы The Legendary Pink Dots и после его самоубийства все обложки польских изданий и переизданий альбомов группы будут оформлены цифровыми работами Бексинского в память о нём.

22 февраля 2005 года сам художник будет найден мёртвым в своей квартире в Варшаве. На теле Бексинского будет обнаружено 17 колотых ран, две из которых окажутся смертельными.